主持科研项目：

（1）个体-群体时空活动轨迹挖掘方法研究，国家自然科学基金面上项目，2019-2022
（2）大豆RNA结构与进化分析的信息处理方法研究，国家自然基金重点项目，2010-2013
（3）基于网络模型的癌症相关模式挖掘理论与方法，国家自然基金重点项目，2016-2020
（4）miRNA-基因双层网络的构建与分析方法研究，国家自然科学基金面上项目，2016-2019
（5）功能基因网络的重构与交叠模块识别方法，国家自然科学基金面上项目，2013-2016
（6）系统发生树构建方法研究，国家自然科学基金面上项目，2008-2009
（7）蛋白质相互作用和基因功能关联pairwise核对称性预测方法研究，教育部博士点基金，2012-2014
（8）精准医学文本知识发现与呈现，国家重点研发计划，2016-2020
（9）基于认知学习模型和半监督学习机制的图像语义理解研究，原国家“863”计划，2007-2009
（10）基于智能推理技术的信息处理平台，原国家“863”计划，2004-2005
（11）面向智慧城市中时空大数据的机器学习方法研究，北京市属高校高水平创新团队建设计划项目，2019-2021
（12）智慧城市中的时空数据深度学习研究，北京市教委科技计划重点项目，2018-2020
（13）基于异构计算的超大规模并行深度学习平台搭建，360公司实验室项目，2015-2016
（14）彩色喷墨打印机系统，国际合作项目，1996-2001
（15）生物膜计算模型研究，省自然基金重点，2008-2010
（16）计算生物学中的学习算法研究，省杰出青年基金，2007-2009