（1）2005年，“环境演变与种群演化的研究”，教育部自然科学奖一等奖。

（2）2008年，“不同时间尺度的环境演变和物种多样性”，教育部自然科学奖二等奖。

（3）2012年，“数学类课程在工科院校创新人才培养中的作用研究与实践” ，北京市教育教学成果奖一等奖。

（4）2013年，“种群及其传染病时空演化动力学理论及方法”，教育部自然科学奖二等奖。